生物信息學

出版時間:2008-9  出版社:許忠能 清華大學出版社 (2008-09出版)  作者:許忠能 編  頁數:522  
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前言

生物信息學融合了生命科學、信息科學等21世紀多個朝陽學科,越來越深入影響科學研究與社會生活的多個方面。開設生物信息學課程有利于提高學生科研理念及科技產業化意識。許多學者已編寫了不少優秀的生物信息學教材與專著,涵蓋教學與科研的多個方面,但這些教材與專署往往僅適用于某一專業的學生。本書編寫的目標是為不同專業背景的讀者提供一本學習生物信息學的入門教科書。編者設計了大量的例子,便于讀者理解相關原理。希望為推動國內生物信息學教學貢獻綿薄之力。

內容概要

  生物信息學是一門新興的交叉科學。本書共分16章,詳細介紹了生物信息學的定義、研究內容、生物學基礎、數據庫網絡基礎、算法與數學基礎以及其在序列拼接、基因預測、引物設計、生物進化與分子發育分析、蛋白質結構預測、RNA結構預測、生物芯片、計算機輔助藥物設計、生物分子網絡與生物系統仿真、DNA計算中的應用與發展狀況等內容。  本書結構清晰,系統完整,文筆流暢,既可作為高等院校相關專業師生的教材,也可作為該領域中研究、教學、軟件開發等科研人員的參考用書。

書籍目錄

第1章 生物信息學概述1.1 背景與定義1.1.1 生物學原始數據量的急劇擴增1.1.2 名詞“bioinformatics”的第一次出現1.1.3 定義1.2 研究內容1.2.1 生物信息的存儲與獲取1.2.2 序列比對1.2.3 測序與拼接1.2.4 基因預測1.2.5 生物進化與系統發育分析1.2.6 蛋白質結構預測1.2.7 RNA結構預測1.2.8 分子設計及藥物設計1.2.9 代謝網絡分析1.2.10 生物芯片1.2.11 DNA計算1.3 數據庫、軟件、科研教育機構1.3.1 數據庫1.3.2 軟件1.3.3 科研教育機構1.4 期刊與著作1.4.1 期刊1.4.2 著作1.5 生物學、計算機技術與數學基礎1.5.1 生物學1.5.2 計算機技術1.5.3 數學1.6 展望1.6.1 研究內容的展望1.6.2 應用領域的拓展1.6.3 研究者的回報可免費登錄的相關網站習題參考文獻第2章 生物信息學的生物學基礎2.1 生物學研究的層次2.1.1 宇宙生命的研究目錄生物信息學2.1.2 生物與環境的關系2.1.3 生物種類2.1.4 生理2.1.5 細胞2.1.6 生物分子2.1.7 生物進化2.2 分子生物學基礎2.2.1 核酸的結構2.2.2 蛋白質的結構2.2.3 DNA的復制2.2.4 基因的轉錄2.2.5 蛋白質的生物合成2.3 人類基因組計劃2.3.1 目標與意義2.3.2 資助2.3.3 研究機構2.3.4 研究方法2.3.5 目前結果可免費登錄的相關網站習題參考文獻第3章 數據庫與網絡基礎3.1 數據庫技術基礎3.1.1 數據庫的基本概念3.1.2 數據庫的體系結構和數據獨立性3.1.3 關系數據庫系統3.1.4 生物數據處理常用的數據庫系統3.2 網絡技術簡介3.2.1 網絡基礎知識3.2.2 Internet及其應用3.2.3 基于Web的數據庫系統3.2.4 基于網絡的搜索引擎可免費登錄的相關網站習題參考文獻第4章 UNIX操作系統與計算機語言第5章 算法與數學基礎第6章 序列比對第7章 序列拼接第8章 生物信息數據庫的查詢與搜索第9章 生物進化與分子系統發育分析第10章 基因預測與引物設計第11章 蛋白質結構及其預測第12章 RNA結構與預測第13章 生物芯片第14章 計算機輔助藥物設計第15章 生物分子網絡與生物系統仿真第16章 DNA計算附表1 生物信息數據庫附表2 中國、美國、英國、加拿大、澳大利亞科研教育機構開設生物信息學專業的情況漢英名詞索引英漢名詞索引

章節摘錄

3.生物群落生物群落指在一定空間內的多種生物的集合。生物群落層面上強調的是生物之間的關系。美國北加州的Eel河里生活著一個生物群落:浮游藻類與底棲藻類、搖蚊幼蟲、肉食性昆蟲、鳊魚、刺魚、虹鱒。其中浮游藻類與底棲藻類被搖蚊幼蟲吃,搖蚊幼蟲被肉食性昆蟲、鳊魚幼魚、刺魚幼魚等捕食,而肉食性昆蟲、鳊魚幼魚、刺魚幼魚又被虹鱒吃掉。有位科學家在Eel河中圈定12個區域:其中6個有全部上述動物,并多加了若干尾虹鱒;另外6個區域把虹鱒都清除而留下其余動物。一段時間后,有虹鱒的區域的浮游藻類與底棲藻類嚴重減少,而沒有虹鱒的區域的藻類明顯增加。為什么放入吃肉的虹鱒后藻類會減少呢?原來虹鱒的捕食作用使肉食性昆蟲、鳊魚幼魚、刺魚幼魚的數量減少了,這些搖蚊幼蟲的天敵的減少使搖蚊幼蟲數量大增,于是大量取食藻類,故藻類數量下降。這就是生物群落中各種生物相克相生的關系。在很多生物群落中,如果生物的種類越多,生物個體在各種類問分配得越均勻,生物群落就相對越穩定。而生物種類數量和生物個體在各種類問分配稱為生物多樣性,生物多樣性是生物群落的一個重要特征,它會隨著環境的改變而受影響,通常環境越惡劣生物多樣性就會越低。調查發現,廣東沿海養殖對近海浮游生物群落有影響,在養殖海區的浮游生物多樣性明顯低于非養殖海區,說明海水養殖魚類的發展使近海海水中的生物群落結構脆弱。4.種群種群指在一定區域內同一種生物的總和。種群的數量變化及其影響因素常常是種群生態學的研究內容。從某種意義上說,人類數量變動及發展也是種群生態學的研究內容。在挪威有種旅鼠,其天敵很少,數量增長迅速,有科學家一直在研究其種群數量變化。20世紀80年代,科學家發現旅鼠種群數目上升很快,原本棕色的皮毛在數量上升后部分旅鼠皮毛變成鮮艷的橙色,并且很多個體集體遷移到大海邊,然后集體跳到海里去。得出的初步解釋是旅鼠中有個種群利益機制,當在一定區域數量激升至環境無法容納時,有部分個體采取自我犧牲的方式把毛皮變得鮮艷吸引天敵吃自己,同時集體跳海自殺以騰出生態空間讓種群得到繼續生存下去。一個動人的舍己求全的故事。但后來發現,集體跳海原來是一場偶然事故,主要是預先不知道前方是海,而群體移動速度太快了,以至于剎不住掣,結果都掉到海里淹死了。

編輯推薦

《生物信息學》結構清晰,系統完整,文筆流暢,既可作為高等院校相關專業師生的教材,也可作為該領域中研究、教學、軟件開發等科研人員的參考用書。

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用戶評論 (總計15條)

 
 

  •     書比較詳細,但是對于生物專業的來說稍顯淺顯,有的內容對生物專業的來說顯得羅嗦了 建議非生物專業的可以看看,生物專業的還應該在加深一些
  •     對生物信息學入門介紹比較全面,可惜我需要的網絡方面的內容很少。對序列等內容介紹較多
  •     比較全面而基礎的書,有簡單的數學原理描述。
  •     粗略看了一下,很基礎,像摘要版的
  •     內容廣度很好,但是貌似感覺深度不怎么樣。初學者可以看看
  •     專業書籍 無過多評價 學這個的 肯定要買這個
  •     本書很好, 內容全面, 通俗易懂瀏覽目錄就會發現本書實際上涉及了多個學科,基本 涵蓋了生物信息學的方方面面.通讀一遍后, 感覺本書比較適合初學者閱讀, 能幫助初學者了解全面的概況.而且一般非生物學專業的讀者也基本能看懂.其中還有一些實例, 演示如何從開放的DNA數據庫中查詢某種生物的一段具備某些特征的基因編碼.還有就是對DNA計算的介紹比較詳細, 總之本書是以本內容豐富有趣的專業書籍.
  •     適合于初學的內容豐富全面
  •     書的內容比較詳細,適合入門者學習。
  •     很好的一本書,適合初學者入門……
  •     內容全面,講解細致,適合自學,文筆還挺幽默
  •     適合初學者,內容很全面,基本涉及到的地方都可以從書中找到出處。特別是數學推演……太不怕羅嗦。里面有些語句明顯是翻譯過來的,看著很逗樂。
  •     這本書生物信息學簡明,易懂,基礎知識比較透徹
  •     這本書純粹是抄的
  •     很少有的生物信息方面的初學教材,很全面很細致。
 

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